《古剑二》的故事主要围绕一代女侠谢衣展开。以下是该故事的大致情节：
在太和七年，蜀山派大弟子谢衣在云游途中，因意外发现一把被封印的古剑，并因此受到故人之邀，踏入了江湖的纷争之中。
谢衣与隐居于剑冢的少年归鸿仪相遇，并结为夫妇。**，婚后不久，归鸿仪在一次意外中不幸身亡，留下了一个尚在襁褓中的幼子。谢衣在悲痛之中决定收养这个孩子，并取名为“君山”。
随着时间的推移，谢衣逐渐发现这把古剑背后隐藏着巨大的阴谋。原来，它被一个名为“长风”的神秘组织所控制，而长风的幕后主使竟然是谢衣的师父——紫衣师尊。紫衣师尊一直利用谢衣的师父谢云飞的名义，暗中操控着长风组织，并试图利用这把古剑的力量来达到自己的目的。
为了揭开真相并保护自己的儿子，谢衣决定深入调查长风组织和古剑的秘密。在这个过程中，他结识了许多志同道合的朋友，并一起经历了许多惊心动魄的冒险。**，在众人的共同努力下，他们成功揭露了紫衣师尊的罪行，并阻止了长风组织的阴谋。
在故事的结尾部分，谢衣带着他的儿子君山离开了蜀山派，开始了新的生活旅程。虽然江湖的纷争仍在继续，但谢衣已经找到了属于自己的归宿和使命。
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